Історія бібліотеки ВНМУ ім. М.І.Пирогова є складовою частиною літопису навчального закладу, яка пройшла з ним складний шлях становлення. Після створення стаціонарного медичного інституту була організована бібліотека на основі фондів бібліотек Одеського, Київського медичних, Вінницького та Полтавського фармацевтичних інститутів. У фонді цінних та рідкісних видань знаходиться багато видань, що є гордістю бібліотеки.
Під час Великої Вітчизняної війни до Німеччини було вивезено велику кількість найцінніших книг та підручників. В післявоєнні роки фонд бібліотеки масово поповнювався надходженнями літератури з Держфонду СРСР, бібліотек Московського університету ім.М.В.Ломоносова, 1-го Московського медичного інституту ім. І.М.Сєченова, Ленінградської військово-медичної академії та інших бібліотек Союзу, які не зазнали фашистської окупації. У 1945 р. фонд бібліотеки складав 60 тис. видань, а в 1961 р. - понад 179 тис. прим. Збільшився штат бібліотеки.
В 1976 р. бібліотеку було визначено регіональним методичним центром бібліотек ВНЗ Вінницької, Житомирської і Хмельницької областей. В 1978 р. у зв’язку із збільшенням кількості ВНЗ у м.Вінниці Наказом Мінвузу СРСР бібліотека визначена обласним методичним центром бібліотек ВНЗ міста.
У 1988 р. університетська книгозбірня отримала пристосоване приміщення, де розмістилися науковий, навчальний та художній абонементи, інформаційно-бібліографічний відділ, читальна зала на 200 місць, відділи комплектування та наукової обробки, методичної роботи. Створено новий ряд предметного каталогу – 230000 карток. Книговидача досягла більше 600000 томів, кількість відвідувань перевищила 255000.
90-і роки можна назвати періодом технічної модернізації бібліотечних процесів. Продовжувалась робота з впровадження комп’ютерних технологій. Отримано комп’ютери, розпочалося освоєння інтегрованої бібліотечно-інформаційної системи,створено 6 електронних каталогів. Значно прискорилось поповнення БД: «Каталог книг», «Статті з медичної періодики», «Каталог авторефератів», «Алфавітна картотека читачів», «Книгозабезпеченність», що вплинуло на якість бібліотечно-інформаційного обслуговування читачів.
Початок ХХІ століття характеризувався збільшенням фінансування на придбання літератури в зв’язку з відкриттям нових факультетів, початком співпраці з медичними бібліотеками України. Було досягнуто домовленості з Житомирською, Рівненською, Вінницькою обласними медичними бібліотеками та бібліотекою Одеського медичного університету про корпоративну предметизацію та наукове опрацювання медичних періодичних видань, що сприяло піднесенню бібліотечно-інформаційної діяльності на якісно новий рівень. Загальна кількість фонду в 2003 р. становила 512 тис. прим., книговидача - 690 тис. прим., обсяг карткового довідкового апарату складає 2, 5 млн.карток, обсяг електронного каталогу – більше 100 тис. записів.
Наповнення новим змістом напрямків бібліотечного забезпечення навчального та наукового процесів в університеті в світлі вимог наближення вищої освіти до європейського рівня зумовлюють подальшу перебудову діяльності бібліотеки. Закінчується будівництво нового приміщення, яке відповідатиме вимогам сучасного бібліотечно-інформаційного закладу.
За показниками роботи колектив бібліотеки неодноразово нагороджувався Почесними Грамотами та Дипломами МОЗ СРСР, МОЗ України, Міністерства культури СРСР та Міністерства культури і туризму України, Грамотами ректорату.